2018年9月，经学校研究决定，由工学院与医学部共建，成立北京大学跨学部生物医学工程系（Biomedical Engineering Department, Peking University）。校本部继续加强现有工学院生物医学工程系建设，医学部新成立生物医学工程系为医学部直属单位。
2018年11月6日，北京大学跨学部生物医学工程系第一次学术探讨会在北京大学口腔医院举行。参加会议的有中华口腔医学会会长俞光岩教授，北京大学信息与工程科学学部副主任任秋实教授，北京大学跨学部生物医学工程系常务副系主任席建忠教授（工学院）、邓旭亮教授（医学部），以及工学院、医学部及附属医院的50余位专家。
报告会现场
邓旭亮表示这是跨学部生医系的第一次学术研讨会，是跨学部生医系和临床医院的“相亲会”，同时是争取集群聘任走出的关键一步。
席建忠表示，此次会议的主要目的是加强跨学部生医系PI与各附属医院实验室之间的交流，尽快推动双方的科研合作。
本次报告会共有12位专家作学术报告并参与讨论，包括：陈海峰的“再生医学用纳米生物材料”、葛子钢的“软骨再生医学”、王晓燕的“牙髓保存及再生”、卢旷达的“基于金属-有机骨架材料的癌症新疗法”、葛娜的“高分辨率B超引导下胚胎内显微注射技术建立口腔癌小鼠研究模型初探”、高卫平的“蛋白质-高分子偶联物在癌症诊疗中的应用”、王琳的“双歧杆菌靶向示踪定位系统的构建及其应用研究的合作需求介绍”、席建忠的“自组装细胞芯片肿瘤精准医学研究”、华红的“口腔鳞状细胞癌早期诊断现状”、吕珑薇的“干细胞与骨再生工作介绍及合作需求”、任秋实的“手持共聚焦实时无创成像技术在临床口腔肿瘤诊断的应用”和戴志飞的“头颈部黑色素瘤荧光手术导航的合作需求介绍”等。
报告环节
俞光岩和邓旭亮分别作会议总结，表示要推进跨学部生医系人才引进，加强合作，实现临床应用，同时更好地完成学校“临床医学+X”项目。